В июне 2009 г. Центр научно-инновационной и информационно-аналитической деятельности реорганизован в Научно-инновационный учебный центр (НИУЦ).

Основные направления деятельности Центра:

информационно-аналитическое обеспечение образовательного и научного процессов в университете;

анализ научной и научно-исследовательской деятельности факультетов, кафедр, научных подразделений университета;

организация научно-исследовательской деятельности студентов и научно-технического творчества молодежи СтГАУ;

информационное обеспечение и организация конкурсно-грантовой деятельности профессорско-преподавательского состава, научных сотрудников, аспирантов и студентов университета;

инновационная деятельность и менеджмент научно-исследовательских, опытно-конструкторских и проектных работ;

мониторинг новаций в области модернизации системы образования, высшего профессионального образования, подготовки научных и научно-педа­гогических кадров, научной, научно-технической и инновационной политики;

охрана интеллектуальной собственности ученых, сотрудников, аспирантов и студентов университета;

создание информационно-аналитических и проблемно-ориентированных электронных баз данных;

координация деятельности университета в области инновационной политики и трансфера наукоемких технологий.

В целях координации и развития инновационной деятельности в регионе университет активно сотрудничает с органами исполнительной и законодательной власти. Научная и инновационная деятельность университета осуществляется в соответствии с приоритетными направлениями науки, технологий и техники, концепцией развития университета, перспективным планом подготовки научных и научно-педагогических кадров. Фундаментальные, прикладные исследования и разработки выполняются коллективами научно-исследовательских лабораторий, 38 научной школой и научным направлением. Проводятся комплексные научные исследования в области земледелия, растениеводства, животноводства, ветеринарной медицины, механизации и электрификации производственных процессов, экономики и финансового обеспечения сельского хозяйства и перерабатывающей промышленности. С 2009 г. по 2014 г. учеными и сотрудниками Ставропольского ГАУ были выполнены научные исследования и разработки по федеральным и ведомственным целевым программам, грантам отечественных и зарубежных фондов, международным программам. НИУЦ Ставропольского ГАУ ежегодно организует участие университета в конкурсных программах Фонда содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере по поддержке инновационных проектов и научных разработок. Молодые ученые, аспиранты и студенты университета с 2007 г. принимают активное участие в программе «У.М.Н.И.К.». Всего в течение 2007–2014 гг. Фондом содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере были поддержаны 66 инновационных проектов ученых университета. В 2013 году 3 проекта получили финансирование по программе «Умник на Старт».